Vadvetjåkka nationalpark består av fjället med samma namn och det intilliggande deltat. Den avrundade fjällryggen är sex kilometer lång och når som högst 1 246 meter över havet.

I söder avslutas den med ett krön på drygt 1 100 meter varifrån en mäktig sydbrant faller ned mot låglandet i en bred tvärgående dalgång.

Den dominerande bergarten är glimmerskiffer men också kalksten breder ut sig i ett band längs fjällryggen. I nationalparken och alldeles väster om den, finns också en av landets djupaste kalkstensgrottor som formats av rinnande underjordiskt vatten. Den är 700 meter lång och 140 meter djup.

I nationalparken finns även Sveriges nordligaste glaciär.