I norra delen av Stenshuvuds nationalpark breder stora klapperstensfält ut sig i avenbokskogen. Här hittar man även de högst belägna strandvallarna, hela 32 meter över dagens havsnivå.

Själva berget är ett restberg, där mer lätteroderade bergarter under årmiljonerna fallit bort. Berget består till största delen av granit. Graniten på Stenshuvud är gråröd, finkornig, och innehåller kluster av grovkornigare material. Här finns även pegmatitgångar med radioaktiva mineral. Längs med branterna finns raspartier där erosionen fortfarande pågår i mycket långsam takt.