I nationalparken trivs växter som är typiska för området. Bland annat en mängd olika mossor och lavar. Havsområdet under ytan är variationsrikt med stora skillnader i djup och olika typer av bottnar.

Växter på land

Floran i nationalparken är typisk för mellan- och ytterskärgården. På de inre öarna i västra delen av nationalparken dominerar hällmarkstallskog. Öarnas skogstäcke glesnar österut och barrträden ersätts av lövskog med al, asp, björk, och ask. De lågvuxna lövträden bildar en maritim lövskog, en naturtyp som är unik för Stockholms och Ålands skärgårdar.

Större växter påträffas endast i klippskrevor och på stenstränder, där fackelblomster och strandaster bildar färggranna rabatter. De öppna markerna på de inre delarna av Bullerö och Rågskär, de två största öarna i reservatet, sköts genom bete och slåtter. Utan skötsel skulle ängarnas och hagens växter konkurreras ut av högväxande gräs, örter och lövsly.

Flera sorters mossor och lavar

På de magra hällmarkerna finns små kärr med vitmossor och hjortron. I kanterna växer kråkris, ljung och odon. Ytterskärgårdens vegetation påminner om den svenska fjällvärlden med mycket blåst, hårda vintrar och regnfattiga somrar sätter sin prägel på naturen.

Strax ovanför vattenytan växer den svarta och hala saltlaven. Den enda växt som klarar av att ständigt översköljas av saltvatten. Utom räckhåll för vågornas skvalp växer ett bälte av kartlavar tätt tryckta intill berget. Till kartlavarna hör den vackert färgade praktlaven.

De öppna betesmarkerna

De öppna markerna på de inre delarna av nationalparken sköts genom bete och slåtter. Utan skötsel skulle ängarnas och hagens växter konkurreras ut av högväxande gräs, örter och lövsly.

Alger och musslor

Runt öarna finns stora grunda områden med kärlväxter och kransalger i skyddade havsvikar. På de djupare bottnarna finns blåstångsbälten, rödalger och blåmusselbäddar.