Landskapet består av både mellan- och ytterskärgård och ett större havsområde utanför. 97 procent av nationalparkens yta är hav.

Skärgårdslandskapet utgörs av ett sprickdalslandskap med stor variation i höjdskillnader både ovan och under ytan. Det sträcker sig hela vägen från Stockholms skärgård över till Ålands skärgård. Berggrunden domineras av gnejsiga graniter.

Under ytan

I nationalparken finns både mjuka grunda och djupa bottnar av sand, grus och sediment, och hårda grunda och djupa bottnar med berg, block och sten. Utsjöområdet domineras av djupa mjukbottnar.