Nationalparken har ett rikt djurliv. Du kan framför allt se många typer av sjöfågel men också däggdjur som bäver.
Fågellivet
Det finns ett rikt fågelliv i Nämdö nationalpark. Några av de vanligast förekommande arterna är ejder, vigg, svärta, knipa, skrak och många måsfåglar. Drillsnäppa, rödbena, strandskata, roskarl och näktergal är andra arter du kan se och höra här.
I nationalparken häckar också skärgårdens gigant – havsörnen. Havsörnen är liksom många andra arter störningskänsliga under sin häckningstid. Därför finns tre fågelskyddsområden i området: Långskär, Koskären och Rågskär. Där är det tillträdesförbud från 1 februari till 15 augusti.
Däggdjur
På öarna i nationalparken kan du träffa på en del däggdjur. Några exempel är bäver, hare, mink, ekorre och olika sorters gnagare.
I och runt om området lever även gråsälar. Har du tur ser du dem sticka upp ett huvud över vattenytan alldeles intill dig. Du kan också se dem ligga och sola sig på ett skär. Utanför nationalparken, vid Själberget, finns ett sälreservat.
Tamdjur
På sommaren finns de inlånade, fyrbenta naturvårdarna på Bullerö och Rågskär – fåren och korna. Du får gärna hälsa på dem om de själva kommer fram.
Livet under ytan
På de grunda hårdbottnarna i området finns det gott om musselbankar. De är viktiga – inte minst vintertid då de fungerar som ett skafferi för fisk och fågel.
På och i de djupa mjukbottnarna lever ett stort antal arter som blötdjur, maskar, kräftdjur och fiskar. Sedimentbottnar med grävande djur är av stor ekologisk betydelse eftersom arterna som lever i sedimenten hjälper till att syresätta bottnarna.
Skärgårdens barnkammare
De grunda områdena i havet runt nationalparkens öar har stor betydelse för den biologiska mångfalden. I tångskogarna bor majoriteten av Östersjöns arter som är synliga med blotta ögat.
Miljöerna är viktiga för fiskar, både när de leker, när de växer upp som yngel och när de söker föda som vuxna. De grunda vikarna blir varmare tidigt på våren vilket gör att de också fungerar som barnkammare åt en del fiskarter.