I myrarnas olika miljöer, mossar, kärr och tjärnar, trivs växter som köttätande sileshår och myggblomster. Här finns även orkidéer som ängsnycklar, knärot och nyckelblomster.
Träd
Av Sveriges drygt 30 vilda träslag hittas endast åtta i Hamra nationalpark: tall, gran, vårtbjörk, glasbjörk, asp, sälj, rönn och gråal. Tallen är klart dominerande och utgör nära nittio procent av träden. Många av dem är över 300 år men det finns även yngre blandnaturskog och partier med ungskog inom nationalparkens gränser.
Mossor
Runt 150 mossarter har hittats i Hamra nationalpark. De kalkrika kärren och den gamla urskogen är de värdefullaste biotoperna. På lågor, det vill säga gamla fallna stammar, trivs långsamtväxande små mossor som exempelvis vedsäcksmossa, stubbtrådmossa, vedtrappmossa och liten hornflikmossa särskilt bra. På gamla stammar i vattenbrynet kan du hitta den riktigt sällsynta levermossan timmerskapania och på stenar vid strandkanten rikkärrsskapania. I de näringsfattiga rikkärren där grönsten och kalk påverkar pH-värdet, växer piprensarmossa, gyllenmossa och skorpionmossor.
Spår av brand
I Hamra kan du se många trädstammar med tydliga spår efter tidigare bränder. Bränder spelar en viktig roll för ekosystemet, och flera djur, växter, svampar och lavar är beroende av dem för att överleva. Bland de svampar som trivs i brandpräglade miljöer finns fläckporing, lateritticka och gräddporing – alla vedsvampar som gynnas av återkommande bränder. Den senaste stora okontrollerade skogsbranden i området inträffade år 1868.
I dag utförs kontrollerade naturvårdsbränningar med jämna mellanrum, senast under 2024.