I Djurö nationalpark varierar växtlivet stort. På huvudön hällmarker växter tall med inslag av lövträd och lavar, lingon, blåbär och ljung. Även på de mindre öarna finns det skog.

På den sydligaste ön Gisslan finns frisk ängskog med inslag av lind, vårtbjörk och asp. På vårkanten blommar liljekonvalj, vitsippa och blåsippa här. Fram till 1950‑talet utfördes en del avverkningar, men idag är området är ett naturlandskap.

På Djurön finns även några mindre ytor kulturmark med ängs- och hedmark i anslutning till en äldre bosättning. I övrigt är ön täckt av tallskog. Skvattramtallmyrar är vanliga i sänkorna.