Växtligheten på Blå jungfrun präglas av öns utsatta läge. Träden är krypande och förvridna och bidrar till känslan av mystik. Redan på 1400-talet omgavs ön med magiska föreställningar om häxor och trolldom, men här finns också en mångfald av andra växter.

I nationalparkens klimat trivs suboceaniska lavar som exempelvis örtlav, lunglav och blylav. De lavarna kräver hög luftfuktighet och trivs vanligtvis mest i västra Sverige. Här trivs också svampar som till exempel oxtungsvampen.

Längs med ständerna finns blommor som strandkvanne, fackelblomster, backvial och vänderot. I skogen blommar blåsippor och vitsippor på våren. Också nattviol och Jungfru Marie nycklar.