Blå Jungfruns nationalpark består av både land och vatten. Själva urberget är anledningen till att ön blivit skyddad som nationalpark. Graniten dominerar, men här finns också yngre bergarter, som exempelvis sandsten. 

Ön har formats av inlandsisen. Ismassan skapade djupa raviner och många jättegrytor. Den mest kända är den som just kallas Jättegrytan på öns västsida.