I Blå jungfruns nationalpark trivs insekter väldigt bra. Här finns exempelvis en rad ovanliga skalbaggar som mindre ekbock, ögonfläcksbock och ädelguldbagge.
Blå jungfrun är annars fåglarnas ö. Här häckar skärpiplärka, tornfalk och havsörn. Om du har tur kan du fortfarande se någon enstaka tobisgrissla i havet utanför. Tobisgrisslorna fanns tidigare i en stor koloni här men har under de senaste 50 åren minskat kraftigt. Vad minskningen beror på är okänt.
Idag finns det inga däggdjur på ön förutom fladdermöss. Snok och vanlig padda förekommer sparsamt.